Como la fuerza de erupción de un diente dura hasta que se forma completamente la raíz, estos molares pueden empujar y desalinear a los dientes ya existentes. También pueden provocar el atrapamiento de los segundos molares que se encuentran por delante de ellos.

Cuando la muela del juicio se atrapa parcialmente y sólo sale una pequeña parte de ella, se forma una bolsa en la encía en la cual se retiene alimento. Al no poder remover y limpiar adecuadamente, se produce una inflamación la cual a su vez provoca la retención de más alimento hasta que se produce una infección formándose un absceso.. A esa infección se le conoce con el nombre de pericoronaritis y debe ser tratada con antibióticos específicos, antes de la extracción de la muela.

Las muelas del juicio al tratar de salir se inclinan y se proyectan sobre el molar que está por delante causándoles caries, desmineralización y erosión o desgaste en la zona del cuello.

La presión ejercida sobre los segundos molares puede provocar dolores severos y descompensación en las fuerzas de la masticación ocasionando mal funcionamiento y dolor en la articulación temporomandibular (articulación de la mandíbula con la base del cráneo). Algunos pacientes refieren cefaleas (dolores de cabeza) que pueden deberse a la presión ejercida por las muelas al tratar sin éxito de erupcionar.

Al quedar atrapadas las muelas, es factible que a su alrededor se formen quistes que provocan la destrucción del hueso que se encuentra alrededor de la muela. En algunas ocasiones, en el interior de estos quistes se desarrollan tumores odontogénicos (tumores de origen dentario) como el ameloblastoma, tumor sumamente agresivo que puede alcanzar considerables dimensiones.